Năm 2312 A.D, sau cuộc chiến cuối cùng giữa Celestial Being và Quân đội UN, một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu được thành lập. Tuy nhiên, một đội quân độc lập mang tên Arrows đã xuất hiện, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng thực tế là họ đàn áp những người chống đối chính phủ và các nhà lý luận. Setsuna F. Seiei, sau khi sống sót trong trận chiến trước đó, quay trở lại và tiếp tục chiến đấu với Gundam của mình.
